Su numunesi, kullanılmamış suyun biyolojik, fiziksel ve kimyasal özelliklerini tespit etmek amacı ile analiz edilmesi istenen ve laboratuvarlar tarafından istenilen uygun koşullarda alınmış örneklerdir. Atıksu numunesi ise, kullanılmış olan suların kirlilik durumlarının tespit edilmesi amacı analiz edilmesi istenen ve laboratuvarlar tarafından istenilen uygun koşullarda alınmış örneklerdir.

Yetkili laburatuvar çalışanları tarafından gerçekleştirilen her türlü numune alma işinde, alınacak numune türüne göre belirlenmiş usul ve esaslara uygun hareket edilmektedir. Genelde alınan her numune için, numune konulan kabın üzerine numuneyi tanımlayan bilgiler yazılır ve numune alan çalışan tarafından tutanak düzenlenir.

Göller, göletler, akarsular ve deniz sularından su ve atıksu, numunesi alma konusunda Su Kirliliği Kontrol Yönetmeliği Numune Alma ve Analiz Metodları Tebliği ve Türk Standartları Enstitüsü tarafından yayınlanan standartlar dikkate alınmaktadır.

Alınması gerekli numune miktarları, alınan numunelerin konulacağı kabın cinsi, gerekli koruyucu çözeltilerin nasıl hazırlanacağı ve kullanılacağı, yerinde ölçülmesi gerekli parametreler ve alınan numunelerin taşınması konularında TS EN ISO 5667-3 Su Kalitesi - Numune Alma - Bölüm 3: Su Numunelerinin Muhafaza, Taşıma ve Depolanması İçin Klavuz standardı esas alınmaktadır. Bununla birlikte alınacak numunede talep edilecek parametreler dikkate alınarak bu klavuzda yer alan alınması gerekli toplam numune miktarının en az iki katı numune alınmaktadır.

Laboratuvarlar tarafından, numune alma işlemine başlanmadan önce, sonuçların nerede kullanılacağı ve hangi analiz ve ölçümlerin yapılacağı dikkate alınarak, gerekli numune kapları, koruyucu maddeler ve yerinde ölçülmesi gereken parametreler için cihazlar hazırlanmaktadır. Mikrobiyolojik analizlerde ise numune alma kapları steril hale getirilmekte ve uygun kaplar kullanılmaktadır. Numune alma sırasında toksik etkiler olabileceğinden, bu işlem sırasında numune alan personel koruyucu giysi ve ekipmanlar kullanmaktadır.